سید روح‌الله خمینی (1 مهر 1281 – 13 خرداد 1368) از مراجع تقلید شیعهٔ دوازده‌امامی اهل ایران بود که از سال 1358 تا زمان مرگش در سال 1368 به‌عنوان نخستین رهبر جمهوری اسلامی ایران فعالیت کرد. برای اطلاع از بیوگرافی وی تا انتهای این مطلب همراه طوطیا باشید.
نام : روح‌الله
نام خانوادگی : خمینی
متولد : 1 مهر 1281
وفات : 13 خرداد 1368
روح‌الله خمینی تحصیلات ابتدایی و مقدماتی را در نوجوانی و آغاز جوانی در مکتب محلی و مدرسه‌ای در خمین گذراند. احمد خمینی گفته‌است که پدرش در دوران کودکی خیلی بازیگوش بود و دچار شکستگی‌های متعدد شده بود و همیشه در خاک کوی و آب جوی مشغول بازی بود.
پدر وی، سید مصطفی خمینی، روحانی و مجتهد ساکن خمین بود. حاصل ازدواج سید مصطفی با هاجر، دو فرزند دختر بنام مولودآقا خانم و فاطمه و سه فرزند پسر به نام های مرتضی، نورالدین و روح‌الله بود. روح‌الله آخرین فرزند این خانواده بود.
پدر ایشان سید مصطفی موسوی فرزند علامه سید احمد موسوی در 29 بهمن 1241 ه.ش. در شهرستان خمین به دنیا آمد و در تاریخ اسفند 1281 در راه خمین به اراک مورد سوء قصداشرار قرار گرفت و بر اثر اصابت گلوله در چهل سالگی به شهادت رسید.
هاجر خانم مادر امام خمینی، زنی از خاندان علم و تقوا و فرزند آیت‌الله میرزا احمد خوانساری است. امام خمینی پنجمین ماه عمر خود را با درد یتیمی آغاز کردند و از آن پس مادر و عمه بزرگوارشان، تربیت ایشان را عهده دار بودند.
سید مصطفی در اسفند 1281 خورشیدی (ذی‌الحجه 1320 قمری) و در پنج‌ماهگی روح‌الله، در مسیر خمین به اراک مورد حمله قرار گرفت و با اصابت چند گلوله به ناحیهٔ کتف و کمر جان باخت. پس از این اتفاق، جنازهٔ وی به نجف منتقل و درآنجا دفن شد. به‌گفتهٔ عباس میلانی، علت به قتل رسیدن پدر خمینی در هاله‌ای از ابهام است و منابع طرفدار خمینی، همدستان رضاشاه را عامل این اتفاق می‌دانند. او می‌گوید اما به نظر می‌رسد که این داستان صرفاً هدفی سیاسی داشته باشد زیرا رضا شاه بیست‌ودو سال بعد از مرگ پدر روح‌الله خمینی به پادشاهی رسید. روح‌الله خمینی، توسط دایه و مادر و عمه‌اش بزرگ شد. مادر و عمه او در موج همه‌گیریِ آنفلوانزای اسپانیایی و وبا که در سال 1297 خورشیدی ایران را فرا گرفت مردند.
دائرهالمعارف بزرگ اسلامی به‌نقل از چند تن دیگر، ماجرای قتل سید مصطفی را این‌گونه می‌نویسد که وی پس از مرگ ناصرالدین‌شاه گروهی نظامی را تشکیل می‌دهد تا علیه سه برادر که خان‌های خمین بودند به‌دلیل ظلم آنها به رعیت قیام کند. یک بار که خدمتکار خود قنبرعلی را که توسط آنها زندانی شده بود را از اسارت آنها آزاد می‌کند، این فرصت به وجود می‌آید و با قیام علیه آنها، بهرام‌خان را زندانی می‌کند و او در زندان می‌میرد یا کشته می‌شود. در سال 1281 شمسی، دو برادر دیگر خان خمین که در پی انتقام بوده‌اند در نزدیکی اراک برایش کمین کرده و او را به قتل می‌رسانند. پدر خمینی از طرف همسرش به خانواده‌ای سرشناس در خوانسار متصل بود و نفوذ زیادی داشت.
خمینی در کودکی به مکتب شخصی به نام ملا ابوالقاسم رفت. سپس، ادبیات عرب، دروس ابتدایی و مقدمات را از دایی اش، میرزا محمدمهدی، و منطق را نزد شوهرخواهرش، میرزارضا نجفی، فراگرفت.
خمینی پس از تحصیلات مقدماتی خود در خمین، در 19سالگی، به سال 1299 خورشیدی، برای تکمیل تحصیلات خود راهی اراک شد. او در آنجا وارد مدرسهٔ سپهدار شد. در آن سال‌ها مدرسهٔ سپهدار در اراک به‌دلیل حضور عبدالکریم حائری یزدی به مرکز مهمی برای یادگیری علوم دینی تبدیل شده بود. وی در آنجا منطق را از محمد گلپایگانی، اصول را از محمدعلی بروجردی و فقه را از عباس اراکی آموخت.
یک سال بعد به‌دنبال مهاجرت عبدالکریم حائری یزدی برای تأسیس حوزهٔ علمیهٔ قم، خمینی نیز راهی این شهر شد. در آنجا مطول را از محمدعلی ادیب تهرانی، مکاسب را از سید محمدتقی خوانساری، کفایه را از سید علی یثربی کاشانی آموخت.
او بعد از گذراندن دورهٔ سطح، ابتدا در درس خارج فقه و اصول سید علی یثربی کاشانی و سپس در درس خارج فقه عبدالکریم حائری یزدی شرکت کرد. وی برای فراگیری فلسفه به درس علی اکبر حکمی یزدی رفت و در همان ایام نقد فلسفهٔ داروینیسم را نزد محمدرضا نجفی فراگرفت. به‌مدت چهار سال منظومه ملا هادی سبزواری را در محضر سید ابوالحسن رفیعی قزوینی آموخت و اسفار اربعه ملاصدرا را با خلیل کمره‌ای مباحثه کرد. وی نزد ابوالحسن رفیعی قزوینی علاوه بر فلسفه، ریاضیات و هیئت را نیز فراگرفت. در عرفان ابتدا از میرزا جواد ملکی تبریزی و سپس میرزا محمدعلی شاه‌آبادی بهره برد. او از سال 1307 به‌مدت شش سال در درس خصوصی عرفان شاه آبادی شرکت می‌کرد و منازل‌السائرین خواجه عبدالله انصاری و شرح مصباح الانس و مفاتیح الغیب صدرالدین قونوی را از وی آموخت و خود شرحی بر مفاتیح الغیب نگاشت.
وی در سال 1313 به اجتهاد رسید. پس از مرگ حائری در سال 1315، با آمدن حسین طباطبایی بروجردی به قم، در درس خارج فقه و اصول او حضور پیدا کرد. البته، خود این کار را برای ترویج جایگاه ایشان می‌داند.
زمانی که محمدعلی شاه‌آبادی در 1315، قم را به قصد تهران ترک کرد، خمینی جوان را جانشین خود در تدریس اخلاق کرد. کلاس‌های او علاوه برآن به جایی برای طرح نگرانی‌ها و دغدغه‌های مربوط به آن دوره نیز بود. حکومت پهلوی دستور داد که کلاس‌های درس او از مدرسهٔ فیضیه به مدرسهٔ کوچکی بنام مدرسهٔ ملاصادق، منتقل شود. اما با سقوط رضاشاه در سال 1320، کلاس‌های درس دوباره به مکان قبلی خود بازگشت و با همان محبوبیت از سر گرفته شد. در حین تدریس اخلاق به جمع کثیری از مستمعین، خمینی شروع به تدریس فلسفه، به گروهی از طلبه‌های جوان کرد که در بین آنها نام مرتضی مطهری و حسینعلی منتظری نیز دیده می‌شد که این طلاب بعدها از یاران او در نهضت بودند. وی در سال 1325، تدریس خارج فقه را با استفاده از کتاب «کفایه الاصول» آغاز کرد.
وی در این سال‌ها به تدریس خصوصی و عمومی آثار فلسفی و عرفانی نظیر منظومهٔ ملاهادی سبزواری و اسفار ملاصدرا می‌پرداخت. وی که از 27سالگی تدریس فلسفه و عرفان را آغاز کرده بود، به‌شدت با مخالفت جریان سنتی حاکم بر حوزه مواجه شد تا جایی که برخی وی را نامسلمان تلقی می‌کردند.
روح‌الله در سال 1308 هجری خورشیدی با خدیجه ثقفی دختر میرزا محمد ثقفی تهرانی ازدواج کرد. برخلاف سنت رایج چند همسری و متعه در بین روحانیان آن زمان، خمینی هیچگاه همسر دیگری و متعه اختیار نکرد و برخلاف رسم آن زمان خمینی در امور منزل به همسرش کمک می‌کرد.
حاصل این ازدواج، دو پسر و سه دختر به نامهای مصطفی، احمد، زهرا، صدیقه و فریده بود.
خمینی در دههٔ 1310 به هیچ فعالیت سیاسی آشکاری دست نزد. با این‌که او با معدود علمایی که به‌صورت آشکار به اقدامات رضاشاه اعتراض می‌کردند، همدردی داشت اما هیچگاه آشکارا وارد صحنهٔ اجتماعی نشد. عباس میلانی می‌نویسد که دوران رضاشاه، دوران محدودیت و عقب‌نشینی برای روحانیت بود و خمینی به‌مانند سایر روحانیون تنها برای بقا تلاش می‌کرد. با رفتن رضاشاه و شروع جنگ جهانی دوم این فضا تغییر کرد.
اولین حضور خمینی در سطح اجتماع، چند سال بعد از شروع سلطنت محمدرضا پهلوی و در اوایل دههٔ چهل زندگی او بود. در سال 1323، خمینی به‌طور ناشناس و بدون امضا، کتاب کشف‌الاسرار را در مقابل کتاب اسرار هزارساله ضد کسانی نوشت که اصلاحات در شیعه را تبلیغ می‌کردند. خمینی در این کتاب به کسانی ماند علی‌اکبر حکمی‌زاده روزنامه‌نگار، روحانی اصلاح‌طلب، محمدحسن شریعت سنگلجی و همچنین به کسانی مانند کسروی حمله کرد. این کتاب نشان‌دهندهٔ موضع سنتی و سخت خمینی در برابر چالشگران روحانیت شیعه و همچنین مدرنیته است. او در این کتاب حملات اصلاح‌طلبان را جزئی از نقشهٔ امپریالیسم برای نابودی شیعه می‌دانست. روحیهٔ مبارزه‌طلبی و تمرد خمینی الهام‌بخش اولین اثر منتشرشده توسط او، یعنی کشف‌الاسرار (تهران، 1324 هجری شمسی) بود.
سید روح‌الله خمینی در نامهای سرگشاده ظاهراً خطاب به مردم و روحانیان با عنوان «بخوانید و به کار بندید» به تاریخ اردیبهشت 1323 خورشیدی، در پاسخ به کتاب جنجالی «شیعیگری؛ بخوانند و داوری کنند» از احمد کسروی، وی را «یک نفر تبریزی بی‌سروپا» خطاب کرد و از روحانیونی بود که «مسلمانان باغیرت» را به کشتن «این مرتد جاهل مفسد فی الارض» فراخواند.
انتقادات احمد کسروی از برخی عقاید مذهبی شیعه منجر به سوءقصد به وی از سوی روحانی 21سالهای به‌نام نواب صفوی در اردیبهشت‌ماه سال 1324 شد. کسروی از این سوءقصد جان سالم بدر برد، اما گروهی از اعضای فدائیان اسلام در اسفند همان سال وی را هنگامی که در کاخ دادگستری تهران، به اتهامات توهین به مقدسات پاسخ می‌داد، به‌طرز فجیعی به قتل رساندند.
سید روح‌الله خمینی یک سال پس از پیروزی انقلاب 1357 ایران، در تفسیر سورهٔ حمد به تمجید از «اطلاعات تاریخی و قلم» کسروی پرداخت ولی ایراد او را در «غرور داشتن» عنوان کرد.
در سال 1325، مراجع تقلید وقت شیعه، سید ابوالحسن اصفهانی و سید حسین طباطبایی قمی در عراق مردند. پس از آن، عملاً سید حسین طباطبایی بروجردی عهده‌دار مرجعیت عامهٔ شیعیان گشت و این موضوع به‌مدت نزدیک به 15 سال ادامه یافت.
در سال 1324 سید حسین بروجردی به‌عنوان گزینهٔ مناسب ریاست حوزه با درخواست علمای قم از جمله، وارد قم شد و مورد استقبال قرار گرفت، و سرپرستی حوزه را بر عهده گرفت. ریاست بروجردی بر حوزه به‌مدت پانزده سال طول کشید. در این مدت تغییرات اساسی در ساختار حوزه به‌وجود آمد و تحولات بسیاری زیر نظر او رخ داد و استقبال از طرح اصلاح و نوسازی حوزه که از جمله اقدامات صورت گرفته در زمان ریاست او محسوب می‌شوند. روح‌الله خمینی علیرغم آنکه خود مجتهد بود، برای ترویج و تحکیم جایگاه بروجردی در درس‌های خارج وی شرکت می‌کرد. اگرچه در دوران ریاست بروجردی بر حوزه تحولات مفید و گسترده‌ای صورت گرفت، اما با این وجود خمینی نتوانست در این دوران اصلاحات مورد نظر خود را در حوزه عملی کند. او در سال 1328 طرح اصلاح اساسی ساختار حوزهٔ علمیه را با همکاری مرتضی حائری تهیه و به سید حسین طباطبایی بروجردی پیشنهاد داد. با این وجود، پیشنهادهای خمینی دربارهٔ اصلاحات در حوزه نهایتاً از طرف بروجردی — علیرغم تمایل اولیه — عملی نشد.
در سال 1327، در زمان تشکیل اسرائیل، خمینی به‌همراه جمعی از علما با صدور بیانیه‌ای، اقدام سازمان ملل متحد برای رسمیت بخشیدن به تأسیس این کشور را به‌عنوان اقدامی استعماری محکوم کرد.
به‌نوشتهٔ عباس میلانی، در این دوره حوزهٔ قم تحت نفوذ محمدحسین بروجردی بود که به عدم دخالت روحانیان در امور سیاسی اعتقاد داشت. خمینی به‌عنوان یک روحانی جوان با این رویه عمیقاً مخالف بود. وی به‌طور مخفیانه به تدریس عرفان می‌پرداخت، هرچند این کار در آن زمان در حوزه ممنوع بود. او همچنین، به‌طور مخفیانه از نواب صفوی حمایت می‌کرد. او در هنگام تدریس روش مرسوم در قم که مباحثه بین طلاب بود را برنمی‌تافت. عباس میلانی می‌نویسد که خصوصیاتی مانند خودرأیی و قاطعیت که بعدها در زندگی سیاسی او می‌بینیم، در خمینی به‌عنوان یک معلم جوان هویدا است.
خمینی در زمان ریاست بروجردی بر حوزه، بیشتر بر تدریس و آموزش متمرکز بود تا هرگونه فعالیت سیاسی. در آن زمان، او اصول و خارج فقه را آموزش می‌داد، شاگردانی را به دور خود جمع کرده‌بود که بعدها در فعالیت‌های سیاسی او که در پایان منجر به سقوط حکومت پهلوی شد، تبدیل به یاران اصلی او شدند. جز مرتضی مطهری و حسینعلی منتظری، جوانانی مانند محمدجواد باهنر و اکبر هاشمی رفسنجانی نیز از آن جمله بودند.
رابطهٔ خمینی با شخصیت‌های مذهبی فعال آن دوران که به شکل آشکاری در حوزهٔ سیاست به مبارزه با اقدامات حکومت می‌پرداختند، نظیر سید ابوالقاسم کاشانی و سید مجتبی نواب صفوی رهبر فدائیان اسلام، مقطعی و اکثراً بی‌ثمر بود. علت اصلی عدم تمایل او بر مبارزات مستقیم و صریح سیاسی در آن زمان به عقیدهٔ خاص او در این زمینه بازمی‌گشت. او معتقد بود که هرگونه جنبش مبارز و خواهان تغییرات می‌بایست توسط یک روحانی دینی هدایت شود. این در حالی بود که تأثیرگذارترین چهرهٔ این راه در آن زمان، محمد مصدق بود که فردی سکولار و ملی‌گرا محسوب می‌شد.
زمانی که نواب صفوی و یارانش در سال 1334 توسط حکومت دستگیر شدند، خمینی کوشید تا از اعدام نواب جلوگیری کند. وی با بروجردی و چند تن دیگر از علما مذاکره کرد، تا در موضوع مداخله کنند، اما در این کار توفیقی نیافت.
به‌گفتهٔ حمید الگار پس از مرگ سید حسین طباطبایی بروجردی (1340) خمینی به‌عنوان یکی از جانشینان بروجردی برای رهبری مذهبی مطرح شد. از نشانه‌های این امر، انتشار کتاب‌هایی در فقه و از جمله توضیح المسائل بود. به‌گفتهٔ آبراهامیان توضیح المسائل خمینی در سال 1961 میلادی (1339–1340 خورشیدی) در نجف چاپ شد. طولی نکشید که خمینی به عنوان مرجع تقلید جمع کثیری از شیعیان ایران شناخته شد. اما به‌گفتهٔ عباس میلانی، پس از مرگ بروجردی، هرچند خمینی از مدرسان تأثیرگذار حوزه بود و مورد علاقهٔ روحانیان نسل جوان بود، اما به‌طور قطع هم سطح سایر مراجع تثبیت شده قم نبود.
در سال 1340، زمانی که علی امینی، نخست‌وزیر وقت، برای جلب حمایت علما از اصلاحات خود به قم رفت، با خمینی، گلپایگانی، مرعشی نجفی و شریعتمداری دیدار کرد. در این دیدار، خمینی صراحتاً وظیفه علما را مبارزه با دیکتاتوری و تقویت نهضت‌های ملی و مردمی بیان کرد
روز دوم فروردین سال 1342، مصادف با 25 شوال 1383 هجری قمری، سالمرگ جعفر صادق و مطابق معمول، مجالس بسیاری به همین مناسبت در قم برگزار شده بود. منزل خمینی در محلهٔ «یخچال قاضی» نیز مملو از عزاداران بود، شماری از مأموران مخفی با لباس شخصی نیز در جمعیت درصدد راه‌اندازی اغتشاش و هیاهو در مجلس بودند. خمینی، متوجه حضور مشکوک آنها شد؛ و از طریق یکی از روحانیان هشدار داد، که برای سخنرانی در حرم فاطمهٔ معصومه حاضر خواهد شد. این کار موجب دفع اهداف اغتشاش‌گرانهٔ مأموران شد.
عصر همان روز به‌دعوت سید محمدرضا گلپایگانی، مجلسی در مدرسهٔ فیضیه برگزار شد. مأموران مذکور در اواسط سخنرانی، وارد شدند و طلاب را مورد حمله قرار دادند. زد و خورد بین طلاب و مأمورین مخفی شدت گرفت. در این هنگام، نیروهای مسلح وارد درگیری شدند و گروه بسیاری از طلاب را زخمی و مجروح کردند.
در زمان حمله به فیضیه، خمینی برای حضور در مدرسه به راه افتاد، اما حاضران او را از این تصمیم منصرف کردند. خمینی همان‌جا در یک سخنرانی از شخص شاه به‌عنوان عامل اصلی جنایت و هم‌پیمان با آمریکا و اسرائیل یاد می‌کند و از سکوت علمای قم و نجف و دیگر کشورهای اسلامی گلایه می‌کند و می‌گوید: «امروز سکوت، همراهی با دستگاه جبار است.» روز سیزده فروردین، خمینی بیانیه‌ای را با عنوان «شاه‌دوستی یعنی غارتگری» منتشر کرد که در تاریخ انقلاب جایگاه ویژه‌ای دارد. در این اعلامیه، او به محاکمهٔ حکومت شاه پرداخت و «تقیه» را در آن شرایط حرام دانست.
پس از این وقایع، شاه خدمت نظام وظیفه را برای طلاب جوان الزامی‌کرد. این کار، یعنی برتن کردن لباس نظامی و خدمت زیر پرچم شاهنشاهی برای طلاب مخالف بسیار دشوار و سخت بود. اما، خمینی پیکی به سربازخانه‌ها فرستاد و از طلاب درخواست کرد که «تزلزل به خود راه ندهند» و «از این فرصت برای تقویت جسم و روح خود استفاده کنند.» خمینی در چهلم حادثهٔ فیضیه، دولت آن زمان را محکوم کرد که به‌فرمان آمریکا و اسرائیل، خواهان از ریشه‌برکندن اسلام است و خود را مصمم به مبارزه با این امر نشان داد. و در پیامی اعلام کرد که در راه نیل به یکی از دو نیکویی، یعنی شهادت یا پیروزی، گام برمی‌دارد.
در فاصلهٔ میان حادثهٔ مدرسهٔ فیضیه و آغاز ماه محرم، یعنی 2 فروردین تا 4 خرداد 1342، مبارزات خمینی در قالب صدور اعلامیه‌های متعدد بود. اما با آغاز ماه محرم، اعتراضات رفته‌رفته به یک قیام تبدیل شد. سخنرانی خمینی در روز 13 خرداد مصادف با روز عاشورا، نقطه عطف مخالفت علنی وی با حکومت پهلوی بود و به انتقاد شدید از شاه، آمریکا و صهیونیسم پرداخت. در پی آن، برخی احزاب نظیر نهضت آزادی از آن حمایت کردند.
ساعت 3 بامداد 15 خرداد، چند مأمور در تاریکی شب و پس از محاصرهٔ بیت خمینی، به درون خانه ریختند و او را دستگیر کرده و ابتدا به بازداشتگاه باشگاه افسران و سپس غروب روز بعد، به زندان قصر واقع در تهران بردند. بعد از انتقال خمینی به تهران، خبر دستگیری او ابتدا در قم و سپس در شهرهای دیگر به سرعت پیچید و واکنش‌هایی را به‌دنبال داشت. مردم در تهران، قم، شیراز، مشهد و ورامین به خیابان‌ها ریختند و شعارهایی نظیر «یا مرگ یا خمینی» سردادند. این قیام‌ها توسط نیروهای امنیتی سرکوب شد. تظاهرات تا دو روز بعد از 15 خرداد نیز ادامه یافت و 32 نفر در این تظاهرات کشته شدند. قیام 15 خرداد یکی از مهم‌ترین حوادث سالهای منتهی به انقلاب اسلامی محسوب می‌شد و موجب شد که بسیاری از علما سکوت خود را بشکنند و به نهضت خمینی بپیوندند.
این‌طور به نظر می‌رسید که حکومت تصمیم داشت خمینی را پس از محاکمه اعدام کند. تا این‌که اعلامیه‌ای به امضای علما و مراجع و به ابتکار حسینعلی منتظری و امضای مهاجرین تهیه و منتشر شده‌بود، به‌صراحت مرجعیت خمینی را تأیید کرده و بعد از بیان شمول قانون مراجع و مصونیت خمینی از حکم اعدام، خواهان آزادی او شده بود.
علی‌اکبر معین‌فر در مصاحبه‌ای با ابراهیم نبوی اظهار داشته که پیشنهاد معرفی خمینی به‌عنوان مرجع از مظفر بقائی بوده و وی از نورایی که از دوستان مشترک او و بقائی بوده شنیده که مرجع اعلام کردن خمینی توسط مراجع دیگر نه با ابتکار آنان، بلکه به‌واسطهٔ پیشنهادی بوده که بقائی به ایشان داده تا بدین‌وسیله از اعدام خمینی جلوگیری کند.
در 11 مرداد، خمینی را از زندان به حبس خانگی منتقل کردند. هرچند در برخی رسانه‌ها از سازش وی با حکومت سخن گفته شد، اما او در دیدارهایی که داشت بر تداوم مبارزه تأکید می‌کرد. حکومت پهلوی بر این باور بود، که با سرکوب و دستگیری جمع زیادی از معترضان، توانسته‌است اعتراضات را مهار کند. سرانجام در 16 فروردین سال 1343، خمینی آزاد و به قم بازگردانده شد.
پس از آزادی نیز خمینی دست از سخنرانی علیه شاه و اسرائیل برنداشت و از فروردین ماه به افشاگری در خصوص رابطهٔ شاه با اسرائیل پرداخت. در تیرماه 1343، سیدمحمود طالقانی و مهدی بازرگان، سران نهضت آزادی، به جرم حمایت از خمینی دستگیر و زندانی شدند.
25 دی 1342 برابر با 15 ژانویهٔ 1964 دولت اسدالله علم، لایحهٔ اجازهٔ استفاده مستشاران آمریکایی در ایران از مصونیت‌ها و معافیت‌های قرارداد وین را به مجلس سنا برد. طبق این طرح، ایران همانند 38 کشور دیگر در دنیا به مستشاران نظامی آمریکا اجازه می‌داد که همچون دیپلمات‌ها و کارمندان اداری و فنی سفارتخانه‌ها از مصونیت‌ها و معافیت‌های مندرج در کنوانسیون وین برخوردار باشند. در 3 مرداد 1343 مجلس سنا این قانون اجازهٔ استفادهٔ مستشاران آمریکایی از قرارداد وین دربارهٔ روابط سیاسی را تصویب کرد و به مجلس شورای ملی فرستاد. در 21 مهر 1343 این قانون با 74 بلی و 61 نه به تصویب مجلس شورای ملی رسید. مجلهٔ داخلی مجلس شورا، پس از گذشت چند روز از تصویب لایحه به دست خمینی رسید و او متن کامل سخنرانی‌ها و گفتگوهایی که میان نمایندگان مجلس و رئیس دولت ردوبدل شده‌بود را مطالعه کرد.
خمینی تصمیم گرفت در 4 آبان 43، که آن سال که مصادف با زادروز محمدرضا شاه و سال‌زاد فاطمه دختر محمد نیز بود، برای مردم سخنرانی کرده و دربارهٔ لایحهٔ کاپیتولاسیون با آنها صحبت کند. شاه نماینده‌ای را به قم فرستاد و خمینی را تهدید کرد که علیه شاه، آمریکا و اسرائیل سخن نگوید. اما خمینی بی‌اعتنا به تهدید شاه، سخنرانی‌اش را با آیه استرجاع آغاز کرد و سخنرانی انتقادی شدیدی را ایراد کرد. دیگر علما نیز، با لحنی آرام‌تر علیه کاپیتولاسیون سخنرانی کردند.
خمینی در سخنرانی گفت:
… عزت ما پایکوب شد، عظمت ایران از بین رفت، عظمت ارتش ایران را پایکوب کردند. قانونی را به مجلس بردند که در آن ما را ملحق کردند به پیمان وین… که تمام مستشاران نظامی آمریکا با خانواده‌هایشان، با کارمندهای فنی‌شان با کارمندان اداری‌شان، با خدمه‌شان… از هر جنایتی که در ایران بکنند، مصون هستند. ملت ایران را از سگ‌های آمریکا پست‌تر کردند… آقا من اعلام خطر می‌کنم، ای ارتش ایران من اعلام خطر می‌کنم، ای سیاسیون ایران من اعلام خطر می‌کنم… والله گناهکار است کسی که فریاد نکند. ای سران اسلام به داد اسلام برسید. ای علمای نجف به داد اسلام برسید. ای علمای قم به داد اسلام برسید…
شاه این‌بار تصمیم گرفت خمینی را به خارج از کشور تبعید کند. سحرگاه روز سیزده آبان گروهی مأمور اعزامی از تهران وی را دستگیر و مستقیماً راهی فرودگاه مهرآباد کردند. او در آنجا با یک فروند هواپیمای نظامی، به آنکارا انتقال داده‌شد. پس از تبعید خمینی موجی از اعتراض‌ها در قالب تظاهرات در تهران، تعطیلی طولانی‌مدت درس حوزه‌ها و ارسال طومارها و نامه‌ها به سازمان‌های بین‌المللی و مراجع تقلید به راه افتاد.
21 مهرماه 1343 لایحه کاپیتولاسیون در مجلس تصویب شد. خبر که به امام رسید، پیام هشدارآمیز صادر کردند. امام در 13 آبان‌ماه با چند روز تاخیر به دلیل برگزاری انتخابات ریاست‌جمهوری آمریکا دستگیر و به ترکیه تبعید شدند. اقامت امام خمینی در ترکیه یازده ماه به درازا کشید.
امام و فرزندشان مهرماه سال 1344 به نجف تبعید شدند. حکومت در نظر داشت امام در حوزه نجف و در فضای دور از سیاست آن منزوی شود. در حالی که امام در طول اقامت در نجف هر روز سه ساعت به زیارت و عبادت در حرم می‌پرداختند اما پیگیری فعالیّت‌های نهضت هم با وقفه روبرو نشد. امام چهار روز پس از ورود به نجف در دیدار با آیت‌الله سید محسن حکیم، وی را به قیام فرا خواندند. فروردین 1346 در اعتراض به لوایحی که قوانین ضد اسلامی داشت به هویدا نامهای با لحن تند نوشتند.
اول آبان 1356 خبر درگذشت سید مصطفی، فرزند امام، بدون سابقه بیماری موجب حیرت شد. دکتر گفته بود که وی را مسموم کرده‌اند، امام اجازه کالبدشکافی ندادند و در پیامی شرایط کشور را مصیبت بارتر دانستند. لحن پیام امام، شاه را به خشم آورد و دستور داد در مقاله روزنامه اطلاعات به امام حمله کنند. مردم در اعتراض به جسارت به امام، در قم قیام کردند که با سرکوب مواجه شد. شهرهای ایران در چهلم شهدای شهرهای پیشین ملتهب می‌شد و امام برای هر کدام از این اتفاقات پیام می‌دادند.
با اوج گرفتن فعالیت‌های امام، ماموران حکومت عراق خانه امام را محاصره کردند و رفت و آمد به آن را قطع کردند. با افزوده شدن فشارها تصمیم گرفتند که به سوریه بروند. امکانش فراهم نشد، به پاریس رفتند و در پاریس به مصاحبه با رسانه‌های گروهی و تبیین دلائل و برنامه‌های انقلاب اسلامی پرداختند.
امام پس از سال‌ها دوری از وطن، سرانجام 12 بهمن‌ماه 1357 وارد ایران شدند و در 15 بهمن‌ماه بازرگان، را نخست‌وزیر دولت موقّت و مامور تشکیل کابینه کردند. ایشان با صدور اطلاعیه‌ای در مورد حکومت نظامی 21 بهمن، آن را خدعه خواندند و از مردم خواستند که به آن اعتنا نکنند که این اقدام باعث به ثمر نشستن نهضت و پیروزی انقلاب اسلامی شد.
در سال 1357 هجری شمسی حرکت انقلابی مردم ایران به پیروزی رسید. امام خمینی در 12 بهمن همان سال به ایران بازگشت و در 22 بهمن نظام سلطنتی رسما شکست خورد. چند ماه بعد در فروردین 1358 شمسی نظام جمهوری اسلامی به رفراندم گذاشته شد و مدتی بعد، قانون اساسی توسط خبرگان منتخب مردم نوشته و به رأی گذاشته شد. بر اساس این قانون نیز امام خمینی به عنوان رهبر جمهوری اسلامی معرفی شد. ایشان تا پایان عمر یعنی خرداد ماه 1368 رهبری این نظام را بر عهده داشتند. تثبیت نظام جمهوری اسلامی ایران، تدوین قانون اساسی، مقابله با درگیری‌های داخلی، فرماندهی جنگ در زمان حمله هشت ساله عراق به ایران، پذیرش صلح با عراق، اصلاح قانون اساسی،... مهم‌ترین کارهای او در طول این ده سال به شمار می‌رود.
پس از همه‌پرسی قانون اساسی در سال 1358ش، امام خمینی طی حکمی در 1 اسفند آن سال، شش فقیه را برای عضویت در شورای نگهبان انتخاب کرد. با انتخاب شش حقوقدانِ شورا در 26 تیر 1359ش توسط نمایندگان مجلس، اولین جلسه این شورا تشکیل شد و این نهاد رسماً کار خود را شروع کرد. انطباق قوانین با شرع و قانون اساسی، تفسیر قانون اساسی و نظارت بر انتخابات و همه‌پرسی مهم‌ترین وظایف این شورا است.
بنابر قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران قوانین مصوب مجلس شورای اسلامی نباید با احکام شرع و قانون اساسی مخالف باشند. تشخیص این سازگاری با شورای نگهبان است. اختلاف‌های متعدد مجلس و شورای نگهبان باعث شد که امام خمینی به فکر چاره‌ای برای این معضل باشد. او نخست اعلام کرد که اگر دو سوم نمایندگان تصویب قانونی را لازم بدانند، نظر آنان بر نظر شورای نگهبان مقدم است. اما با بیشتر شدن اختلافات، در 17 بهمن ماه 1366ش دستور تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام را داد.
وظیفه اصلی مجمع حل اختلاف مجلس شورای اسلامی با شورای نگهبان است و حل معضلات نظام که از راه‌های عادی قابل حل نیستند، ارائه مشورت به رهبری در تعیین سیاست‌های کلی نظام و در موارد ارجاعی از سوی رهبر از دیگر وظایف این مجمع است.
بعد از پیروزی انقلاب ایران در سال 1357 خمینی شهر قم را به عنوان محل زندگی انتخاب کرد و در مدت اقامت در قم چند مورد عوارض قلبی را از سر گذارد که شدیدترین آنها در 3 بهمن 1358 رخ داد و منجر به انتقال وی به تهران، بستری در بیمارستان قلب و تصمیم به اقامت دائمی در تهران شد. بار دیگر در 6 فروردین 1365 خمینی دچار ایست قلبی و تنفسی شد که با انتقال سریع به بیمارستان مجهزی که در نزدیکی جماران توسط سپاه پاسداران تأسیس شده بود، از مرگ نجات یافت
علت اصلی مرگ خمینی ایست قلبی اعلام شد ولی او در اواخر عمر به سرطان معده مبتلا شده بود. این بیماری قبل‌تر و دورهٔ تبعید وی در نجف نیز در او مشاهده شده بود ولی پیشرفت بیماری در آن زمان کند شده بود. نوع سرطان وی بسیار تهاجمی با سرعت پیشرفت بالا بود به نحوی که در حدود دو هفته از اولین نشانه‌ها در 28 اردیبهشت 1368 باقی اندام‌ها را نیز درگیر کرده بود. پس از تشخیص سرطان با نظر سران وقت سه قوه و احمد خمینی فرزند وی تصمیم به جراحی به جای شیمی درمانی گرفته شد و اقدامات درمانی تا لحظه مرگ او به علت سکته وسیع قلبی ادامه یافت.
روح‌الله خمینی در ساعت 22 و 20 دقیقه 13 خرداد 1368 به ساعت رسمی ایران به علت سکته وسیع قلبی درگذشت. خبر فوت وی در ساعت 7 صبح 14 خرداد در اولین بخش خبری رادیو سراسری ایران به اعلام عمومی رسید. خبر درگذشت او را محمدرضا حیاتی خواند، این بخش خبری و صدای محمدرضا حیاتی یکی از معروف‌ترین بخش‌های خبری در ایران است و بارها شنیده شده‌است.
روح‌الله خمینی افرادی را با تعیین اولویت جهت خواندن وصیت‌نامه خود برای مردم مشخص کرده بود، این افراد به ترتیب عبارت بودند از احمد خمینی، رئیس‌جمهور، رئیس مجلس، رئیس دیوان عالی کشور و در نهایت یکی از فقهای شورای نگهبان قانون اساسی، در روز 14 خرداد 1368 وصیت‌نامه روح‌الله خمینی توسط سید علی خامنه‌ای رئیس‌جمهور وقت در مجلس خبرگان رهبری خوانده شد و بعد از چندین ساعت بحث، مجلس خبرگان سید علی خامنه‌ای را به عنوان رهبر موقت جمهوری اسلامی ایران تا زمان برگزاری رفراندوم برگزید.
برای برگزاری مراسمی جهت وداع، پیکر روح‌الله خمینی در روز 15 خرداد 1368 به مصلای تهران منتقل شد، یخچال بزرگی با دیوارهای شیشه‌ای بر روی چند کانتینر به‌طوری قرار گرفت تا مردم بتوانند جسد پیچیده در کفن را که عمامه‌ای سیاه به نشانه انتساب به سادات بر روی سینه داشت را ببینند. نماز میت در ساعات اولیه روز 16 خرداد توسط سید محمدرضا گلپایگانی خوانده شد.
پس از نماز ابتدا تصمیم گرفته شد برای تشییع جنازه کامیونی تابوت حامل پیکر را به بهشت زهرا که در 20 کیلومتری مصلا بود منتقل کند و یک هلی کوپتر از آغاز مسیر تابوت را همراهی می‌کرد، در میانه راه به علت هجوم جمعیت زیادی که برای تشییع پیکر آمده بودند تابوت و کفن از هم پاشید. جمعیت هیجان زده از کنترل خارج شده بود، کامیون به سمت خاکی جاده منحرف شد و هلی کوپتر به زحمت به زمین نشست و جسد را برای تکفین مجدد به جماران منتقل کردند. سپس از طریق رسانه‌ها اعلام شد که خاکسپاری به روز بعد موکول شده تا از حجم جمعیت کاسته شود و در نهایت با حضور احمد خمینی و اکبر هاشمی رفسنجانی تدفین انجام شد و کانتینری جهت حفاظت بر روی قبر قرار گرفت، جمعیت شرکت‌کننده در این مراسم تا 10 میلیون نفر برآورد می‌شود که بزرگترین تشییع جنازه دنیا لقب گرفته‌است، برخی منابع به کشته شدن یا صدمه دیدن عده‌ای در ازدحام این جمعیت هم اشاره کرده‌اند ولی آمار رسمی در این زمینه وجود ندارد. مراسم تشییع وی دارای رکورد گینس بزرگترین تشییع جنازه جهان است که بنا بر گزارش رسانه‌های ایران ده میلیون و بنا به گزارش رسانه‌های غربی دو میلیون نفر در آن شرکت کردند.
در ابتدا چند گزینه برای محل دفن وی در نظر گرفته شده بود، این گزینه‌ها عبارت بودند از جماران، مسجد جمکران، مصلای تهران، حرم فاطمه معصومه، کوشک نصرت در قم و بهشت زهرای تهران که در نهایت تصمیم به دفن جسد در زمینی خالی در نزدیکی بهشت زهرا گرفته شد تا امکان گسترش این مکان فراهم باشد. تا یک سال از درگذشت نخستین رهبر جمهوری اسلامی هیچ بنای خاصی جهت پذیرایی از مردمی که علاقه‌مند به حضور در این مکان بودند وجود نداشت و در سالهای بعد آرامگاهی بزرگ معروف به مرقد امام، در محل دفن وی ساخته شده که توسعه آن تا امروز نیز ادامه دارد. امروزه این مکان موقعیتی است برای اعلام وفاداری افراد مختلف به نظام جمهوری اسلامی و ایده‌های بنیانگذارش و از سیاسیون گرفته تا دانشجویان و از کارکنان دولت تا دانش‌آموزان با حضور در این مکان بنا بر اصطلاح ادبیات رایج در جمهوری اسلامی با آرمان‌های امام راحل تجدید میثاق می‌کنند
